حسین پناهی در ۶ شهریور ۱۳۳۵ در روستای دژکوه از توابع شهر سوق از توابع شهرستان کهکیلویه در استان کهگیلویه و بویراحمد زاده شد. پس از اتمام تحصیل در بهبهان به توصیه و خواست پدر برای تحصیل به مدرسهٔ آیت‌الله گلپایگانی رفت و بعد از پایان تحصیلات برای ارشاد و راهنمایی مردم به محل زندگی‌اش بازگشت. چند ماهی در کسوت روحانیت به مردم خدمت کرد تا اینکه زنی برای پرسش مسئله‌ای که برایش پیش آمده بود پیش حسین رفت و از او پرسید که فضلهٔ موشی داخل روغن محلی که حاصل چند ماه زحمت و تلاشم بود افتاده است، آیا روغن نجس است؟ حسین با وجود اینکه می‌دانست روغن نجس است (روغن محلی معمولاً در تابستان از حرارت دادن کره به دست می‌آید و در هوای آزاد و با توجه به گرم بودن هوا در تابستان روغن همیشه به صورت مایع است)، ولی این را هم می‌دانست که حاصل چند ماه تلاش این زن روستایی، خرج سه چهار ماه خانواده‌اش را باید تأمین کند، به زن گفت نه همان فضله و مقداری از اطراف آن را دربیاورد و بریزد دور، روغن دیگر مشکلی ندارد. بعد از این اتفاق بود که حسین علی‌رغم فشارهای اطرافیان نتوانست تحمل کند که در کسوت روحانیت باقی بماند. این اقدام حسین به طرد وی از خانواده نیز منجر شد. حسین به تهران آمد و در مدرسهٔ هنری آناهیتا چهار سال درس خواند و دوره بازیگری و نمایشنامه‌نویسی را گذراند. 

پناهی بازیگری را نخست از مجموعه تلویزیونی «محلۀ بهداشت» آغاز کرد. سپس چند نمایش تلویزیونی با استفاده از نمایشنامه‌های خودش ساخت که مدت‌ها در محاق ماند. با پخش نمایش «دو مرغابی در مه» از تلویزیون که علاوه بر نوشتن و کارگردانی خودش نیز در آن بازی می‌کرد، خوش درخشید و با پخش نمایش‌های تلویزیونی دیگرش طرف توجه مخاطبان خاص قرار گرفت. نمایش‌های دو مرغابی در مه و یک گل و بهار که پناهی آنها را نوشته و کارگردانی کرده بود، بنا به درخواست مردم به دفعات از تلویزیون پخش شد. در دهه شصت و اوایل دهه هفتاد، او یکی از نوآورترین نویسندگان و کارگردانان تلویزیون بود. به دلیل فیزیک کودکانه و شکننده، نحوه خاص سخن گفتن، سادگی و خلوصی که از رفتارش می‌بارید و طنز تلخش بازیگر نقش‌های خاصی بود. اما حسین پناهی بیشتر شاعر بود؛ و این شاعرانگی در ذره‌ذره جانش نفوذ داشت. نخستین مجموعه شعر او با نام «من و نازی» در ۱۳۷۶ منتشر شد، این مجموعهٔ شعر تاکنون بیش از شانزده بار تجدید چاپ شد و به شش زبان زندهٔ دنیا ترجمه شده‌ است. 

حسین پناهی در ۱۴ مرداد ۱۳۸۳ در سن ۴۸ سالگی درگذشت و در قبرستان شهر سوق (واقع در استان کهگیلویه و بویر احمد) به وصیت خودش به خاطر اینکه مادرش در آنجا دفن شده است به خاک سپرده شد. علت مرگ به گزارش پزشک قانونی سکته قلبی بوده است. پناهی علاوه بر آثار سینمایی و تله تأترهایی که اجرا کرد کتاب‌های بسیاری نیز در فهرست یاد بودهای خود بر جای گذاشت که عبارتند از:  

«نامه‌هایی به آنا»، «نامه‌هایی به آنا 2» «به وقت گرینویچ»، «افلاطون کنار بخاری»، «سال‌هاست که مرده‌ام»، «ستاره‌ها»، «کابوس‌های روسی»، «نمی‌دانم‌ها»، «من و نازی»، «جهان زیرسیگاری من است»، «نوید یک روز بلند نورانی»، «خروس‌ها و ساعت‌ها»، «دو مرغابی در مه»، «راه با رفیق»، «چیزی شبیه زندگی»، «بی بی یون»، «سلام خداحافظ».